Научный профиль ГБУЗ МО МОНИКИ включает следующие основные направления: разработка новых способов специализированного хирургического и терапевтического лечения (включая новые методы иммунокоррекции, лазерной медицины, детоксикации и др.) заболеваний пищеварительной системы, неспецифических заболеваний легких (в том числе профессиональной этиологии), сердечно-­сосудистых, эндокринологических, неврологических, дерматологических заболеваний, патологии опорно­-двигательного аппарата и лицевого скелета, мочевыделительной системы (включая трансплантацию почек, литотрипсию), заболеваний ЛОР-­органов и органов зрения; разработка эффективных методов диагностики (в том числе лучевых, компьютерных, кристаллографических, лазерных и др.), рациональных форм диспансеризации больных.